Мурси был осужден по делу о разгоне митинга 5 декабря 2012 года. Вместе с ним к 20 годам тюрьмы были приговорены 12 лидеров «Братьев-мусульман», в том числе Мухаммед аль-Бельтаги и Исам аль-Арьян. Еще двое осужденных получили по 10 лет тюрьмы. Всего, помимо Мурси, на скамье подсудимых оказались 14 лидеров исламистов. Их всех признали виновными в провокации насилия, которое привело к гибели людей. Суд снял с них обвинения в преднамеренном убийстве.

5 декабря 2012 года антиисламисты собрали около резиденции Мурси «Аль-Иттихадия» в Каире митинг и потребовали всенародного референдума по конституции и конституционной декларации. Во время митинга на демонстрантов напали вооруженные сторонники исламистов. По официальным данным, погибли 10 и пострадали более 700 человек. Оппозиция сообщает о гибели более 20 египтян.

Мурси был свержен в результате военного переворота 3 июля 2013 года. Он был арестован новыми властями, и 4 ноября 2013 года начался процесс по делу о гибели людей у президентского дворца. Мурси также обвиняется в госизмене, в шпионаже в пользу иностранного государства и в массовом побеге лидеров «Братьев-мусульман» из тюрьмы во время январской революции 2011 года. Приговор назначен на 16 мая.