Маленкин обвиняется в организации незаконного лишения свободы семи реабилитанток центра. Прокурор просил 6,5 года колонии для обвиняемого, однако суд принял во внимание положительные характеристики Маленкина и письма в его защиту от депутатов екатеринбургской гордумы и общественников. Отягчающим обстоятельством признали попытку подсудимого скрыться от следствия. Один из основателей фонда, мэр Екатеринбурга Евгений Ройзман на суде не присутствовал.

«Я считаю, что дело политическое, а приговор подлый и несправедливый. И, конечно, Малекину я доверяю неизмеримо больше, чем всей правоохранительной системе. Вел себя Женька очень достойно», — написал Ройзман после приговора в своем ЖЖ.  

Суд решил, что у сотрудников «Города без наркотиков» было «искаженное понимание наркомании», никто из них не имел специальных знаний о реабилитации наркоманов и медобразования. Маленкина также признали виновным в обороте наркотиков. Суд установил, что в 2009 году Маленкин подбросил героин жителю Екатеринбурга и сфабриковал против него дело.

Маленкин также обвинялся в приобретении специальных техсредств для негласного получения информации. Весной 2012 года он незаконно купил наручные часы с функциями аудио- и видеозаписи и использовал их. Подсудимый признал себя виновным только в удержании реабилитанток. Вместе с Маленкиным были осуждены Николай Рамазанов, Сергей Черенцов, Александр Ческидов и Михаил Пиминов. Они получили от 3,8 до пяти лет лишения свободы.

Обвинение считает, что в 2010-2011 годах Маленкин приказал сотруднику фонда Игорю Шабалину лишить свободы семь реабилитанток центра. Одна из них, Татьяна Казанцева, скончалась из-за несвоевременного оказания медпомощи. Шабалина в ноябре 2013 года приговорили к двум годам и четырем месяцам лишения свободы. В 2012 году Маленкина объявили в международный розыск и заочно арестовали. В ноябре 2013 года он был задержан.