Об отставке Коняхина объявили на утренней редакционной коллегии ИД. О причинах увольнения сотрудника сказано не было, Коняхин также отказался от комментариев.

Один из источников РБК рассказал, что руководство дома давно было недовольно Коняхиным. Три других сотрудника связали увольнение со скандалом о публикации интервью с лидером Партии прогресса Алексеем Навальным. Интервью вышло в прямом эфире «Коммерсантъ-FM» 4 сентября и было посвящено избирательной кампании оппозиции в регионах и митинге 20 сентября. Во время интервью Навальный назвал президента России Владимира Путина причастным к крушению самолета Boeing-777 под Донецком в июле 2014 года.

Позже из расшифровки интервью на сайте удалили моменты про Путина и самолет. «То, что Навальный сказал такие вещи в прямом эфире, неважно, но то, что это растиражировали, опубликовав на сайте, вызвало скандал в издательском доме», — сказал собеседник издания. Сейчас интервью на сайте опубликовано без этих фраз и с пометкой «Публикуется в сокращенном варианте. Редакция по рекомендации Правового департамента посчитала необходимым удалить часть интервью, которая может быть истолкована как нарушающая статью 4 Закона РФ от 27.12.1991 № 2124-1 „О средствах массовой информации“».

Пост Коняхина займет Сергей Яковлев, в августе ставший шеф-редактором ИД. В ноябре 2014 года Яковлева назначили главредом газеты «Коммерсантъ» после увольнения Михаила Михайлина. Коняхин возглавлял сайт ИД с 2013 года.