Дело возбуждено по пунктам «ж» и «и» части 2 статьи 105 Уголовного кодекса. По версии следствия, ночью 27 апреля 2007 года в Таллине возникли массовые волнения из-за переноса памятника советским воинам из центра города на военное кладбище на окраине. Во время волнений возникла драка между Ганиным и неизвестными лицами. В результате Ганина ударили ножом, и он скончался.

До сих пор в Эстонии так никого и не привлекли к ответственности за убийство Ганина. В СКР напомнили, что в соответствии со статьей 12 Уголовного кодекса России, иностранцы и лица без гражданства, не проживающие постоянно в России и совершившие преступление вне ее пределов, подлежат уголовной ответственности, если преступление направлено против россиянина и если лица не были осуждены за границей. 

Памятник Воину-освободителю Таллина от немецко-фашистских захватчиков был открыт 22 сентября 1947 года на холме Тынисмяги напротив церкви Каарли. С 1995 года он носит название Монумент Павшим во Второй мировой войне. С 1990-х годов в Эстонии вокруг памятника разгорались ожесточенные дискуссии — многие эстонцы считали его символом советской оккупации. 

В середине апреля 2007 года Эстония решила перенести мемориал. В ночь на 27 апреля, во время демонтажа памятника, возле монумента произошли столкновения с полицией, в ходе которых ранения получили 57 человек, среди них 13 полицейских. Вечером 27 апреля столкновения продолжились, число митингующих выросло до двух тысяч человек. Количество пострадавших достигло 153 человек. 28 апреля в Эстонии арестовали лидеров движения «Ночной дозор», созданного для охраны памятника, Дмитрия Линтера и Максима Реву и комиссара движения «Наши» в Эстонии Марка Сирыка. Всем им предъявили обвинения в организации беспорядков, но суд оправдал их. 

Беспорядки распространились на города Йыхви, Валга, Кохтла-Ярве, Нарву и Силламяэ и местечко Синимяэ. В Силламяэ митингующие перекрыли трассу Таллин-Нарва. По итогам беспорядков по подозрению в хулиганстве и вандализме было взято под стражу около 1200 человек, из которых 700 признали невиновными. Треть задержанных были эстонцами.

В Москве движение «Наши» блокировали посольство Эстонии. Посольство направило ноты протеста в министерство иностранных дел России, но то оставило их без ответа.

В мае 2007 года по подозрению в избиении Ганина и его друга Олега были арестованы двое эстонцев. В июне были задержаны еще семь эстонцев. В июле все подозреваемые в убийстве и избиении россиянина были выпущены под подписку о невыезде. В июне 2009 года уголовное дело по факту избиения Ганина было прекращено, трое участников избиения получили штрафа от 5 до 12 тысяч крон. Уголовное дело по факту убийства продолжается.