Всего обвинение по статье 179 и статье 347 (несообщение о преступлении или укрывательство) предъявлено семи задержанным. В частности, МВД задержало заместителя командира десантной бригады воинской части Минобороны по политико-воспитательной работе подполковника Мустафо Назарова, старшего инспектора Управления финансов и бюджета Минобороны майора Насима Юсуфова, экс-сотрудников правоохранительных органов, вышедших на пенсию, Баходура Кабирова и Тоджиддина Собирова, незаконных телохранителей мятежного замминистра Фозилбека Аюбова и Хуршежа Холикова и открывшего огонь по милиционерам Файзулло Абдуллоева. 6 сентября властям сдался брат Назарзоды Мирзохаёт Назаров.

Во время спецоперации против формирований Назарзоде 6 сентября были убиты четверо его сторонников, семеро задержано и изъято большое количество оружия, сообщили в пресс-службе МВД. Спецоперация проходит в Рамитском ущелье в 150 километрах к востоку от Душанбе.

4 сентября мятежники напали на милицию в Душанбе и Вахдате. В результате нападения погибли четверо милиционеров и четверо бойцов ОМОНа. Также были убиты девять нападавших, в том числе подполковник милиции Зиёвуддин Абдуллоев, служивший в Вахдате. Власти обвинили его и Назарзоду в членстве в Партии исламского возрождения Таджикистана, однако партия опровергла эти слова, напомнив, что силовикам запрещено состоять в партиях. С начала операции были убиты 18 силовиков и 26 террористов, задержаны 39 мятежников. 

В целях безопасности в Душанбе закрыли все рынки. «Все столичные рынки — продовольственные, вещевые и прочие — закрыты в целях безопасности. Рынки будут работать с 10 сентября, то есть после празднования Дня независимости республики», — сообщила Хукумат (мэрия) Душанбе. День независимости празднуется в Таджикистане 9 сентября.

Мятеж Назарзоды направлен на дестабилизацию ситуации в стране, сказал президент Таджикисана Эмомали Рахмон. «Трагический инцидент, произошедший 4 сентября, стал причиной гибели девяти сотрудников органов внутренних дел и озабоченности населения страны. В этом виноваты люди с нечистой совестью, которые хотели дестабилизировать ситуацию в стране», — заявил глава государства.

Президент назвал мятежников террористами и сказал, что они выполняют те же задачи, что и боевики террористической организации «Исламское государство», к которой присоединились многие таджикистанцы. «К сожалению, в настоящее время в боевых действиях на стороне ИГ участвуют 46 жителей Вахдата, и к сегодняшнему дню 11 из них погибли в Сирии и Ираке», — сообщил он.

Президент России Владимир Путин позвонил 5 сентября Рахмону и сообщил, что расценивает события в республике как попытку дестабилизации внутренней ситуации в стране. Путин и Рахмон договорились отдельно встретиться во время саммита Организации Договора о коллективной безопасности (ОДКБ) в Душанбе 15 сентября.  

В конце мая 2015 года командир таджикского ОМОНа полковник Гулмурод Халимов в своем видеообращении на фоне пальм и бородатых вооруженных людей заявил, что находится в Сирии и будет бороться за права мусульман. Он пообещал вернуться в Таджикистан, чтобы установить там законы шариата. Халимова объявили в розыск по линии Интерпола.