Малофеев и Скуратов пожаловались на обыск в Тверской районный суд Москвы, но тот признал следственные действия законными. Мосгорсуд также признал решение Тверского суда законным. По словам Скуратова, процессуальный статус его и Малофеева не изменился — они остались свидетелями в деле. Он добавил, что следователи взяли с него подписку о неразглашении.

Позже пресс-служба Малофеева опровергла информацию об обысках у него и у Скуратова. «Наши взаимоотношения с ВТБ на сегодняшний день не являются конфликтными. Ещё год назад Константин Малофеев и ВТБ заключили мировое соглашение, снявшее все взаимные претензии. У нас вызывает недоумение действия журналистов, которые публикуют непроверенную информацию. Ведь обысков ни у Константина, ни у меня в 2013-2015 годах не проходило. В Мосгорсуде мы опротестовывали намерение следствия провести обыски. Константин Малофеев также обратился в следственный департамент с требованием провести проверку по факту распространения в СМИ недостоверной информации о проведении обысков и выступить с её опровержением», —  добавил Скуратов.  

В 2007 году дочерняя компания ВТБ — VTB Capital PLC — выдала более 225 миллионов долларов компании «Руссагропром» на покупку молочных заводов у фирмы Nutritek International Corp. Последнюю ранее контролировал Малофеев.

Ни кредит, ни проценты по нему «Руссагропром» заплатить не смог. Акции, которые банк взял себе в качестве залога, оказались малоликвидными. В 2011 году компания объявила дефолт, и ВТБ обратился в правоохранительные органы. По факту было возбуждено дело по части 4 статьи 159 Уголовного кодекса (мошенничество в особо крупном размере, совершенное организованной группой). 

В 2012 году делом занялся Следственный департамент министерства внутренних дел. Вместе с Малофеевым и Скуратовым свидетелем по делу оказался их партнер, тогда глава Ростелекома Александр Провоторов. Обвиняемой стала генеральный директор «Руссагропрома» Евгения Кремнева. Следователи считают, что она предоставила ложные сведения о «фактическом финансовом состоянии молокозаводов» и похитила деньги вместе с сообщниками.

В 2012 и 2013 годах в домах Малофеева и Скуратова прошли обыски, сообщил «Ъ». Позже следственные действия были заморожены. В это время фонд святителя Василия Великого, председателем наблюдательного совета которого является Малофеев, инвестировал в социальные программы в Крыму после его присоединения к России. Консультант Малофеева по PR Александр Бородай стал премьер-министром Донецкой народной республики. Знакомый Малофеева Игорь Гиркин (Стрелков) — лидером бойцов Донбасса. На Украине против Малофеева возбуждено уголовное дело. США и Евросоюз ввели санкции против него.