«Предъявленное фигурантам дела обвинение квалифицируется как убийство по найму. Убийство по мотивам религиозной вражды им не вменялось и не вменяется, переквалификации действий не было», — сообщил Иван Герасимов в среду, 25 марта.

Зауру Дадаеву и еще четырем арестованным по делу Немцова первоначально предъявили обвинения по пункту «з» второй части 105-й статьи УК России (заказное убийство). Однако 16 марта агентство «Интерфакс» сообщило, что следователи переквалифицировали обвинения на пункт «л» — убийство «по мотивам политической, идеологической, расовой, национальной или религиозной ненависти». В тот же день адвокат Герасимов сообщил, что ему «ничего не известно» об изменении статьи обвинений.

О религиозном мотиве убийства Бориса Немцова на следующий день после гибели оппозиционера, 28 февраля, сообщил официальный представитель Следственного комитета России Владимир Маркин. По его словам, среди прочих рассматривается версия, «связанная с исламско-экстремистским следом». Маркин объяснил, что следователям известно об угрозах, которые получил Немцов после высказываний о расстреле журналистов сатирического журнала Charlie Hebdo в Париже.

О религиозном мотиве сразу после задержания также сообщил Заур Дадаев: он рассказал на допросе, что организовал убийство из-за высказываний Немцова о мусульманах, которые тот сделал после теракта в Charlie Hebdo. Позднее Дадаев заявил, что признание у него выбили под пытками (якобы к нему применяли электрический ток) и отказался от показаний.

По делу об убийстве Бориса Немцова кроме Дадаева арестованы Анзор и Шадид Губашевы, Хамзат Бахаев и Тамерлан Эскерханов. Обвиняемые не признали вины в убийстве и отказались сотрудничать со следствием.