Основатели фонда планируют вручать пять ежегодных премий размером 3 миллионов долларов каждая. В этом году премию уже получили 11 человек. Все первые победители согласились войти в состав комиссии, которая в будущем будет принимать решения о присуждении новых премий. Каждый последующий победитель будет становиться одним из участников этой комиссии. Выдвинуть кандидатуру соискателя сможет любой человек, это можно будет сделать через интернет. Согласно условиям, любой человек может номинироваться на премию неограниченное количество раз. В случае необходимости организаторы могут поделить премию между несколькими учеными.

Премия присуждается за выдающиеся достижения в исследованиях, направленных на борьбу с тяжелейшими заболеваниями и на продление человеческой жизни. Вручать ее будет благотворительный фонд Breakthrough Prize in Life Sciences Foundation, целью которого является популяризация медицинских исследований.

Говоря о премии, Юрий  Мильнер обратил внимание на то, что лечение наиболее тяжелых заболеваний требует усилий гораздо большего количества ученых по сравнению с фундаментальной физикой и, как следствие, в этой области требуется гораздо больше спонсоров для поощрения достижений.

По замыслу организаторов, лауреаты премии будут выступать раз в год с одной публичной лекцией, посвященной передовым исследованиям в области медицины. Все лекции будут размещены в открытом доступе.