«По появившейся в распоряжении Следственного комитета оперативной информации, в роли заказчика этого убийства и ряда других особо тяжких преступлений мог выступать непосредственно руководитель ЮКОСа Михаил Ходорковский», — заявил Маркин.

Следователи собираются допросить свидетелей и подозреваемых в убийстве, в том числе Михаила Ходорковского. По словам Маркина, то, что Ходорковский живет за границей, «не станет непреодолимым препятствием» для допроса.

Адвокат Ходорковского Вадим Клювгант назвал «домыслами» информацию СКР о связи бывшего главы ЮКОСа с убийством мэра Нефтеюганска. «Я фантазии не комментирую и домыслы тоже», — сказал он «Интерфаксу». По словам адвоката, «эта тема уже измусолена».

Мэра Нефтеюганска Владимира Петухова расстреляли из пистолета-пулемета 26 июня 1998 года, когда он шел пешком на работу. Мэра убили спустя месяц после того, как он заявил, что нефтяная компания ЮКОС не платит налоги в городской бюджет. Петухова застрелили в день рождения Михаила Ходорковского, что некоторые расценили как «подарок имениннику».

В ходе первого расследования следователи не нашли связи между убийством Петухова и его конфликтом с ЮКОСом. Однако в 2003 году расследование передали в Генпрокуратуру, которая через два года обвинила в организации убийства мэра Нефтеюганска бывшего сотрудника службы безопасности ЮКОСа Алексея Пичугина.

Алексея Пичугина также обвинили в организации убийства бизнесмена Валентины Корнеевой и двух покушений на предпринимателя Евгения Рыбина. В прокуратуре утверждали, что бывший сотрудник службы безопасности организовал преступления по приказу первого вице-президента ЮКОСа Леонида Невзлина. В апреле 2006 года Пичугина приговорили к 24 годам лишения свободы.

Суд в России заочно приговорил Леонида Невзлина к пожизненному заключению. С 2003 года бывший топ-менеджер ЮКОСа живет в Израиле.