В рамках расследования решено эксгумировать останки императора Николая II и императрицы Александры Федоровны, которые находятся в Петропавловском соборе Петербурга.

Уголовное дело, которое возбудили в 1993 году, возобновили после того, как правительство попросило исследовать и захоронить останки детей императора Николая II: цесаревича Алексея и великой княжны Марии Романовых.

Межведомственная рабочая группа, которая занимается вопросом захоронения останков детей Николая II, решила провести дополнительные идентификационные исследования. Решено исследовать останки великой княгини Елизаветы Федоровны, сестры императрицы, которые находятся в Иерусалиме, а также кровь с мундира императора Александра II, который погиб в теракте в 1881 году. Именно для этих исследований, говорят следователи, нужно эксгумировать останки Николая II и его жены.

Уголовное дело о гибели императорской семьи возбудили в 1993 году после того, как в Екатеринбурге нашли групповое захоронение. Выяснилось, что здесь похоронили Николая II, его жену, детей и приближенных — всего девять человек. Дело закрыли в 1998 году, поскольку все виновные давно умерли.

В июле 2007 года недалеко от места захоронения во время археологических раскопок нашли фрагменты костей и зубы женщины и ребенка. Экспертиза показала, что это останки детей Николая II Алексея и Марии.