Сердюков приступил к исполнению обязанностей генерального директора центра 1 ноября, сообщила 15 ноября газета «Коммерсант». Информацию о назначении Сердюкова изданию подтвердил его адвокат Генрих Падва. Другой адвокат экс-министра Константин Ривкин сообщил газете, что назначению не помешало то, что Сердюков проходит свидетелем по делу «Оборонсервиса».

Анатолий Сердюков покинул пост главы министерства обороны в октябре 2012 года после возбуждения уголовного дела о махинациях в «Оборонсервисе». Фигурантами этого дела стали несколько подчиненных бывшего министра. Адвокат Ривкин говорит, что Сердюков считает обвинения «необоснованной криминализацией правомерных гражданско-правовых сделок». Представитель бывшего руководителя Минобороны отметил, что эти сделки не нанесли ущерба ни военному ведомству, ни «Оборонсервису». 

В ноябре 2012 года появились слухи о том, что Анатолий Сердюков может уйти в структуру «Ростеха» Сергея Чемезова. Тогда «Коммерсант» писал, что за этим назначением стоит руководитель администрации президента Сергей Иванов. Однако позднее новости о назначении Сердюкова не подтвердились.