За лишение неприкосновенности проголосовали 438 депутатов, еще один был против, и один воздержался. Кроме того, Дума дала согласие на возбуждение уголовного дела в отношении Пономарева. 

25 марта Генпрокуратура попросила Госдуму дать согласие на возбуждение уголовного дела против Пономарева по части 5 статьи 33 и части 4 статьи 160 Уголовного кодекса (соучастие в растрате). По словам официального представителя Следственного комитета России Владимира Маркина, если парламент лишит Пономарева депутатского иммунитета, то в отношении него будет возбуждено уголовное дело о хищении у фонда «Сколково» 22 миллионов рублей.

СКР продолжает расследование в отношении старшего вице-президента по развитию и коммерциализации «Сколково» Алексея Бельтюкова, в пособничестве которому подозревается Пономарев.

По данным следствия, в 2010 году «Сколково» заключил с Пономаревым договор на выполнение научно-исследовательских работ на сумму 750 тысяч долларов. Позже Бельтюков снизил стоимость договора с Пономаревым до 450 тысяч долларов и фактически отменил систему поэтапных отчетов, что было сделано, по версии следователей, для невозможности контроля хода исследований. В рамках договора Пономарев, помимо прочего, прочитал несколько лекций, каждая из которых, по подсчетам следователей, оценивалась в среднем в 30 тысяч долларов.

Сейчас депутат находится в США и не может вернуться, поскольку ему запрещено пересечение российской границы, пока он не выплатит 2,7 миллиона рублей по гражданскому иску «Сколково». Источник агентства «Интерфакс» в правоохранительных органах возразил, что никаких ограничений на въезд в Россию на парламентария не налагалось.