Штабы будут планировать контртеррористические операции в территориальном море, исключительной экономической зоне, на континентальном шельфе России и в других морских пространствах, где Россия осуществляет суверенитет, суверенные права и юрисдикцию. Штабы будут также управлять операциями на судах, плавающих под российским флагом.

Руководить штабами будут пограничные органы Федеральной службы безопасности, если иное не предусмотрено Национальным антитеррористическим комитетом.