Минобрнауки объявило о программе опорных  университетов в октябре 2015 года. В конкурсе могли участвовать любые государственные вузы, которые решили объединиться с другим высшим учебным заведением региона. В конкурсе не участвовали вузы Москвы и Петербурга, а также вузы-участники проекта «5-100».

В список опорных университетов России вошли:
Костромской технологический университет
Тюменский нефтегазовый университет
Уфимский нефтяной технический университет
Сибирский аэрокосмический университет
Донской технический университет
Волгоградский технический университет
Воронежский  технический университет
Омский  технический университет
Самарский технический университет
Вятский государственный университет
Орловский университет имени Тургенева.

В ближайшие три месяца вузы должны предоставить в министерство образования пятилетнюю программу развития. На ее выполнение каждый вуз получит за три года субсидию до 200 миллионов рублей.

В министерстве образования говорят, что опорные вузы будут решать задачи региональных экономик и обеспечат рынок труда квалифицированными специалистами. В ведомстве пообещали оставить всех преподавателей и профессоров и сократить только «повторяющиеся позиции административного аппарата».

Опорные университеты могут заинтересовать местных абитуриентов, предложив им высокий уровень подготовки и возможность устроиться на работу на предприятия региона, считает ректор Донского технического университета Бесарион Месхи, чей вуз вошел в список победителей.

Глава проекта «Национальный рейтинг университетов» Алексей Чаплыгин сомневаются, что в текущей экономической ситуации вузы получат все деньги, поскольку бюджет могут сократить за счет образования. «Если победители получат хотя бы по 100 миллионов рублей в первом полугодии, это уже хорошо. Что будет в третьем-четвертом кварталах 2016 года, совершенно непредсказуемо», — сказал он. В министерстве образования в свою очередь допустили, что могут привлечь к программе частный сектор.