Проверкой занимается следователь управления МВД на транспорте по Центральному федеральному округу Андрей Степанов. 5 февраля он встретился с юристом ФБК Вячеславом Гимади.

ФБК указывал на нарушения антимонопольного и антикоррупционного законодательства. В частности, фонд говорил, что георешетки для укрепления грунты были заказаны у компании, связанной с Якуниным, а электронные железнодорожные билеты продаются через фирму сына Якунина. Фонд также пожаловался на выделение внуку экс-главы РЖД ведомственного жилья, хотя у того уже была собственная квартира.

После отставки Якунина в августе 2015 года ФБК направил в правоохранительные органы, совет директоров РЖД, членам правления и депутатам Госдумы более 80 заявлений по поводу работы бывшего главы РЖД.