«5 марта 2016 года Николаус Арнонкур испустил последний вздох мирно в кругу своей семьи. Наша печаль и благодарность велики. Это было замечательное взаимодействие», — сказано в коротком заявлении супруги дирижера Алисы Арнонкур и семьи.

«Эпоха закончилась», — сказал президент Венского филармонического общества Томас Ангиан. «Я не ожидал, что между его уходом из концертной жизни и его кончиной будет лежать столь короткий отрезок времени», — отметил он. По словам Ангиана, «оригинальный звук» Арнонкура утерян безвозвратно.

В декабре 2015 года Арнонкур объявил о своем уходе из-за ухудшения состояния здоровья.  «Мое физическое состояние требует отменить все, что было запланировано», — написал он в письме, адресованном слушателям концертного зала Общества любителей музыки в Вене.

Николаус Арнонкур прославился исполнением произведений классики и барокко. Его называли «отцом возрождения старинной музыки», кроме того, в репертуаре Арнонкура были произведения авторов XIX-XX веков.