В России Шуппе обвиняют в попытке кражи собственности и в организации убийства основателя сетей магазинов «Партия» и «Домино» Александра Минеева в январе 2014 года. Сам Шуппе называет обвинения вымыслом силовиков. По делу также проходит бывший деловой партнер Шуппе Михаил Некрич и другие люди.

Минеев в 1990-е годы основал «Партию» и «Домино», а в следующие 10 лет жил на доходы с коммерческой недвижимости. У него был 21 объект в Москве и в Санкт-Петербурге общей стоимостью примерно миллиард долларов. Шуппе обвиняют в попытке кражи этой недвижимости.

Фигуранты дела, которые находятся в России, либо сидят под домашним арестом, либо отпущены под подписку о невыезде. Недвижимость Минеева освободили из-под ареста. Неизвестно, кто сейчас ее контролирует. Некрича в начале 2017 года задержали в Италии, он все еще ожидает решения суда о выдаче или отказе в выдаче в Россию.

Шуппе был женат на дочери Березовского от первого брака с Ниной Коротковой — Екатерине. Сейчас они в разводе. Он также был деловым партнером Березовского. В России в 1990-е годы он основал крупнейший интернет-провайдер, компанию «Ситилайн». Сейчас он занимается венчурными инвестициями.

В январе 2015 года российский суд заочно арестовал Шуппе и объявил его в международный розыск. Защита Шуппе считает, что у дела есть политические мотивы и что в Москве не будет справедливого суда.