Для своего времени Годвин был отцом неортодоксальным. Девочки — Фанни, Мэри и Клер — учились греческому и латыни, помогали Годвину в его издательском бизнесе и с детства вращались в кругу друзей отца — атеистов, анархистов, ниспровергателей всего и вся. Когда Мэри-младшей исполнилось 15, Годвин отправил ее в Шотландию — провести год в семье радикального диссентера Уильяма Бакстера. В сопроводительном письме отец давал наставления Бакстеру: «Я хочу, чтобы она воспитывалась, как философ... как циник». Желанию Годвина, надо сказать, было суждено осуществиться в полной мере.

Перси Биши Шелли появляется рядом с Мэри-младшей, когда той исполнилось 16 лет. Через некоторое время он бросает свою жену Харриет (на которой женился, когда ей тоже было 16) — одну, беременную, с маленьким ребенком на руках.

Мэри и Шелли встречаются в символичном месте — на могиле ее матери Мэри Уолстонкрафт. Они решили бежать в Италию, чтобы вести там жизнь бродяг, философов и поэтов. Шелли к тому моменту исполнилось 22 года.

Захватив с собой за компанию младшую падчерицу Годвина Клер Клермон, через Францию и Швейцарию они добрались до Северной Италии. Во время путешествия друзья читали друг другу труды матери Мэри, философствовали, вели дневники и декламировали стихи. Это была беззаботная  жизнь, которая кончилась, как только у них иссякли деньги.

После шести недель развлечений троица возвратилась в Лондон. Мэри к тому времени была уже беременна.

Годвин, несмотря на свое вольнодумство, отказался пустить беременную дочь на порог своего дома. Шелли, Мэри и окончательно примкнувшая к ним Клер сняли квартиру на Нельсон-сквер. Мэри страдала — беременность была тяжелой, Шелли и Клер развлекались вдвоем. Харриет тем временем родила сына.

Ребенок Мэри родился недоношенным; вскоре после родов он умер. Вот что писала Мэри другу Шелли Томасу Хоггу: «Дорогой Хогг, ребенок умер. Пожалуйста, навестите меня как можно скорее, я хочу видеть вас. С девочкой все было в порядке, когда я засыпала — потом я проснулась, чтобы дать ей грудь, и она казалась спящей. Я решила ее не будить. Она была уже мертва, но об этом мы узнали только утром. Мне кажется, она умерла от судорог. Приходите и успокойте меня».

Когда-то у Хогга был роман с женой Шелли, и это даже послужило причиной дуэли. Шелли предложил страдавшей от послеродовой депрессии и смерти ребенка Мэри завести роман с Хоггом, но та отказалась.

Зимой следующего года Мэри рожает мальчика и называет его Уильямом, а летом вместе с мужем и Клер Клермон уезжает в Швейцарию. Там Мэри Шелли начинает работу над романом, который обессмертит ее имя — «Франкенштейн, или Современный Прометей».

История отношений Клер Клермон с лордом Байроном достойна отдельной  статьи. Они познакомились в трудный для Байрона период жизни: поэт страдал от нападок и обвинений в инцесте со своей сводной сестрой Августой Ли и одновременно тяжело переживал разрыв с женой Анабеллой. Поэт сразу дал понять 18-летней Клер, что не ищет серьезных отношений. Тем не менее Клер забеременела от него. После отъезда Байрона в Европу ей удается уговорить чету Шелли отправиться вслед за ним.

Позже Байрон писал Августе: «Что я мог сделать? Глупышка, не обращая внимания на мои слова, поехала за мной, или, скорее, приехала до меня, потому что я нашел ее уже здесь. Я не мог изображать стоика перед женщиной, проехавшей 800 миль».

Вернувшись в январе 1817 года в Лондон, Клер рожает дочь, Аллегру. Байрон к тому моменту уже ненавидел Клер — с ее постоянными письмами, жаждой внимания и угрозами самоубийства. Он согласился увидеть дочь при одном условии: Клер оставляет Аллегру ему и никогда больше не ищет встреч с ним. Летом того же года Клер привозит дочь в Италию, к отцу. Она видит Байрона и Аллегру в последний раз; больше их пути не пересекутся.

Старшая сводная сестра Мэри, Фанни Имлей была хорошо образованной, серьезной спокойной девушкой; она дружила с философами и сама писала статьи на социальные темы. Шелли еще в начале своего знакомства с семьей Годвинов пытался ухаживать за ней, но потом переключился на более эмоциональную и страстную Мэри.

8 октября 1816 года Фанни приезжает в главный город графства Сомерсет Бат, чтобы навестить Шелли, который в то время жил там с женой и Клер Клермон. Поездка оборачивается трагедией: на следующий после встречи день Фанни, которой было на тот момент 22 года, выпивает в гостинице смертельную дозу опиумной настойки. Шелли всю свою жизнь хранил тайну этой встречи; единственное, что осталось в память об их свидании, — его стихотворение:

Дрожал ее голос, когда мы прощались,

Но я не видел, что это — душа

Дрожит в ней и меркнет, и так мы расстались,

И я простился, небрежно, спеша.

Горе! Ты плачешь, плачешь — губя.

Мир этот слишком велик для тебя.

(перевод К. Бальмонта)

Предание самоубийства огласке несло угрозу для чести семьи, поэтому Шелли убедил Годвина не запрашивать тело Фанни. Бедняжка была погребена в общей могиле для нищих и бродяг.

10 декабря того же года Харриет, сохранившая статус официальной жены Шелли, утопилась в пруду Серпентайн в Гайд-парке.

30 декабря Шелли и Мэри венчаются в церкви св. Милдред, но суд отказывает Перси в праве на воспитание его детей от первого брака — по причине его атеизма.

В марте 1818 года Шелли, Мэри и дети (которых на тот момент было уже двое) уезжают в Италию, как они полагают, навсегда. В декабре в Неаполе у Шелли рождается очередной ребенок — Елена Аделаида; о ее матери ничего не известно. Скорее всего, ею могла быть Клер Клермон.

В июле 1822 года Шелли погибает (он утонул во время морской прогулки на яхте), не дожив до своего 30-летия немногим меньше месяца. Тело, согласно итальянским законам, было предано огню на том же пляже, куда его выбросило море. Друг Шелли в последний момент выхватил сердце поэта из его груди и передал вдове.

Мэри возвращается в Англию с единственным выжившим из ее четверых детей — сыном Перси. Ей было 25; до конца своих дней она не выйдет замуж. Клер Клермон, так и не увидевшей свою дочь Аллегру, которая умерла в Венеции, тоже не суждено будет выйти замуж; обратившись в католицизм, она проведет остаток дней в Италии.