Заседание СПЧ началось с минуты молчания в память Валерия Абрамкина. «Мы с вами с конца прошлого года не собирались, а между тем в январе этого года из жизни ушёл Валерий Фёдорович Абрамкин. Это утрата для нас всех, для правозащитного движения, поэтому я просил бы вас почтить его память», – сказал Владимир Путин, открывая заседание. 

Затем президент перешел к финансированию НКО. Он заявил, что в нынешнем году для реализации социально значимых проектов финансирование составит более 3,2 миллиарда рублей, а начиная с будущего года на гранты НКО, осуществляющим защиту прав человека, будет выделяться ежегодно 500 миллионов рублей. Путин отметил, что сейчас многое делается для того, чтобы работа некоммерческих организаций велась исключительно на российские средства. «До конца года планируется выделить еще 200 миллионов рублей на поддержку правозащитных НКО», — сказал Путин. По его словам, конкурс по их распределению состоится уже в нынешнем году. Владимир Путин также поддержал позицию Министерства финансов, которое выступает против продления льгот для НКО. 

Президент предложил незамедлительно заняться подготовкой предложений к закону об «иностранных агентах». «Российское законодательство тоже построено таким образом, чтобы те НКО, которые занимаются политикой на иностранные деньги, открыто обозначали себя в таком качестве. На мой взгляд, это справедливый и абсолютно честный подход. Ничего здесь необычного нет. Главное, чтобы эти процедуры были чётко выверены, а критерии отнесения некоммерческих организаций к таковым были ясными и понятными», – отметил президент.

Комментируя деятельность правозащитных организаций, Путин заявил, что в центре внимания правозащитников должен быть «человек с его житейскими заботами и ежедневными проблемами», а сама правозащитная деятельность не должна ограничиваться пределами Садового кольца.

Глава Совета по правам человека Михаил Федотов предложил президенту объявить амнистию за ненасильственные преступления в честь Дня Конституции и вместе с судейским сообществом выработать концепцию так называемого «дружественного правосудия». «Мы хотели бы поставить вопрос об объявлении амнистии к 20-летию Конституции. Речь не только от освобождения от наказания стариков, беременных, женщин, имеющих детей, об освобождении от ответственности, кто совершил ненасильственные преступления в прошлом. Тем самым мы подведем черту под эпохой революций и войн, дикого капитализма», — сказал Федотов. Впоследствии еще несколько выступавших членов Совета попросили Путина поддержать это предложение. «Все за амнистию — это нормальная реакция людей, которые здесь собрались. Надо подумать насчет амнистии», — сказал президент. 

Владимир Путин заявил, что готов обсудить с Советом вопрос о снижении количества лиц, заключаемых под стражу за малозначительные правонарушения. «По сокращению численности тюремного населения — это чрезвычайно важная вещь социальная. Я согласен вместе с вами над этим подумать. Не дело, когда за малозначительные правонарушения людей держат без всякой перспективы. Ни в какие ворота не лезет», — сказал он.  

Говоря о судебной системе, Владимир Путин заявил, что считает ее вполне эффективной. «Когда мы в очередной раз начинаем посыпать голову пеплом, бить себя веригами и говорить, что у нас нет вообще никакой судебной системы, что мы такие дикие — это не так. У нас устойчивое право, неотъемлемая часть мировой системы права и континентального права, у нас развитое право», — сказал Путин, отметив, что проблемы в российской правовой системе не отличаются от проблем в других странах мира. 

Глава «Комитета за гражданские права» Андрей Бабушкин предложил президенту восстановить комиссию по помилованию при главе государства. По его словам, ситуация с помилованием в России вызывает у многих правозащитников тревогу: за 2008-2010 годы в России были помилованы менее 200 человек, а за первое полугодие 2000 года президент помиловал 10 тысяч осужденных. Бабушкин отметил, ежегодно возникают тысячи случаев, когда даже сами потерпевшие выступают за помилование или оно необходимо из медицинских соображений.

Владимир Путин высказался против того, чтобы главы Российской академии медицинских и Российской академии сельскохозяйственных наук оставались президентами после реформы академий. «Они вполне могут быть вице-президентами. Это детали, на мой взгляд, не являются существенными», — сказал он. (Сохранить за президентами РАМН и РАСХН их нынешний статус после реформы предлагал президент РАН Владимир Фортов. Путин заявил, что остальные поправки, предложенные Фортовым, он одобрил, однако содержание поправок Путин не уточнил. - прим. ред.)

Член СПЧ Иосиф Дискин поблагодарил Владимира Путина за решение о предоставлении Эдварду Сноудену политического убежища в России. «Я хотел бы воспользоваться случаем и поблагодарить вас, Владимир Владимирович, за решение о предоставлении Сноудену права убежища. Нельзя выдавать человека туда, где его может ждать смертная казнь. Наш Совет уже высказывался на эту тему», — сказал Дискин. Он отметил, что пример верности общественным интересам, продемонстрированный Эдвардом Сноуденом и Брэдли Мэннингом, рисковавшими свободой — серьезный стимул для развития общественного контроля. 

Владимир Путин назвал ложью заявления, сделанные в конгрессе США государственным секретарем страны Джоном Керри во время дебатов о возможном вмешательстве в сирийский конфликт. По словам президента, на вопрос конгрессмена о наличии в зоне конфликта «Аль-Каеды», Керри заявил, что представителей этой организации в Сирии нет. «Врет, и знает ведь, что врет. Это печально», — сказал Путин, пояснив, что сейчас в Сирии функционирует группировка «Фронт аль-Нусра», которая является подразделением «Аль-Каеды», и власти США не могут об этом не знать. Путин дал понять, что считает несостоятельными заявления о применении сирийскими властями химического оружия. По его словам, такие меры обычно применяются только в случаях, когда другого выхода уже нет. В Сирии же, по мнению президента, власти контролируют ситуацию в стране. Также Путин заявил, что конгресс США не может санкционировать удар по Сирии, поскольку это не его компетенция. «Мы сейчас все сосредоточились на том, что в конгрессе обсуждается вопрос санкционирования применения силы. Это абсолютная подмена здравого смысла, понятия о международном праве», — сказал президент. Он также заявил, что после нанесения удара по Сирии оппозиция сможет захватить власть, именно поэтому наземные операции американских войск попросту не нужны. «Почему говорят, что ни один солдат американский не появится на территории Сирии? Они считают, что это не нужно, что эти боевики и так справятся. Но их нужно только поддержать силами и средствами, которых у них нет. Нет авиации, нет ракетной техники. Им нужно дать. Вот прямо сейчас и дадут», — сказал Владимир Путин. 

Глава комитета Госдумы по международным делам Алексей Пушков, присутствовавший на заседании, предложил Совету по правам человека выступить с отдельным заявлением по Сирии. «Я хотел бы предложить совету выступить с заявлением по Сирии, желательно до начала вооруженной акции, до начала голосования, которое состоится, скорее всего, в следующую среду в американском конгрессе», — сказал Пушков. Он отметил, что защита прав человека в международном масштабе должна становиться частью работы совета, а позиция, которую занял Совет по делу Эдварда Сноудена, значительно повышает авторитет этой организации. Михаил Федотов в ответ заявил, что история не знает ни одного случая, когда «бомбы делали человека лучше».

Когда зашла речь о паводке на Дальнем Востоке, Владимир Путин сказал, что спасатели выполняют тяжелую работу и не нужно их «тюкать и пугать» прокурорскими проверками. «Понимаете, когда могильники заливает сибирской язвой, а они там, они ходят ручками-ножками с лопатами с утра до ночи. Это тяжелый труд. И ни в коем случае нельзя хамить и начать их тюкать, что подъедут сейчас еще прокуроры-следователи, будут еще на допрос таскать», — сказал президент. Говоря о готовности региона к стихийному бедствию, Путин сказал, что в предыдущие годы и в преддверии паводка было многое сделано. При этом он отметил, что общественные организации должны контролировать, в какие условия расселяются люди, эвакуированные из зоны бедствия.

Комментируя «антипиратский закон», Владимир Путин заявил, что надо посмотреть на технологию его исполнения, а также сказал, что лично готов вникнуть в детали для его доработки. «Здесь и интеллектуальные права надо обеспечить, и не перестараться, чтобы не убить интернет», — сказал Путин.

Одним из первых поручений президента по итогам встречи, стало поручение правительству проработать вопрос о создании инфраструктуры для круглогодичного проведения молодёжного форума «Селигер». Ответственным за поручение стал премьер-министр Дмитрий Медведев, оно должно быть выполнено до первого декабря нынешнего года.