По словам Пономарева, Якунин скончался после тяжелой болезни. «Правозащитное сообщество скорбит», — сказал правозащитник.

Якунин родился 4 марта 1934 года в Москве. Окончил Иркутский сельскохозяйственный институт и Московскую духовную семинарию. В 1962 году но стал священником Никольского храма Зарайска, однако через четыре года был «запрещен в священнослужении» «впредь до раскаяния». В 1966 году РПЦ предала Якунина анафеме за письмо патриарху Алексию I, в котором правозащитник описывал подавление СССР прав и свобод верующих в стране.

В 60-70-х годах Якунин начал участвовать в правозащитном движении. В 90-х стал заниматься политической деятельностью и был сопредседателем движения «Демократическая Россия». В 1979-85 годах он отбывал срок в Перми-37 за антисоветскую агитацию и пропаганду, а после провел еще два года в ссылке в Якутии.

В 1990 году его избрал народным депутатом РСФСР, и он стал заместителем председателя Комитета Верховного Совета РФ по свободе совести. В 1991-92 годах Комиссия по расследованию причин и обстоятельств ГКЧП, в работе которой он участвовал, опубликовала архивные материалы КГБ о сотрудничестве иерархов РПЦ с КГБ.  

В 1993 году Русская православная церковь запретила священнослужителям участвовать в выборах в органы представительной и исполнительной власти, однако Якунин избрался депутатом Госдумы и лишился сана священника. Через четыре года его отлучили от церкви «за самочинной ношение иерейского креста и священнических одежд» и за «общение с самозванным патриархом Киевским Филаретом».