Сергей Муратов известен как автор нескольких телевизионных программ. В 1961 году он вместе с Михаилом Яковлевым и Альберта Аксельродом придумал «Клуб веселых и находчивых», одну из самых продолжительных телепередач России. В 1960-е годы Муратов писал для газеты «Советская культура» и журнала «Журналист».

В 1968 году Муратов начал работать в Московском государственном университете, где в 1994 году стал профессором. Кроме МГУ он также читал лекции слушателям Высших курсов сценаристов и режиссеров, Института повышения квалификации работников телевидения и других учебных заведений.

Муратов известен как автор 15 книг о тележурналистике: «Пристрастная камера», «ТВ — эволюция нетерпимости», «Телевизионное общение в кадре и за кадром». В 2009 году вышла его книга «Документальный телефильм. Незаконченная биография». Муратов написал более 400 статей для теоретических сборников, иностранных и российских научных журналов.