«Я считаю, что Немцов был убит участниками правительственной (спецслужбы) или проправительственной организации по приказу политического руководства страны (включая Владимира Путина)», — написал Навальный в блоге во вторник, 3 марта, в день похорон Немцова.

По мнению Навального, неясным остается только, как «политическое руководство» сформулировало свой приказ: или «вы должны убить Немцова, или вы должны провести громкую резонансную акцию».

Навальный утверждает, что чиновники из администрации президента и Совета безопасности РФ создали «экстремистско-террористические организации», которые призваны проводить «акты террора», подобные убийству Немцова.

«Это не самодеятельность, а прямо вот Путин, Патрушев, Иванов, Бортников, Володин и кто еще там. Слушали, постановили: создать, утвердить, выделить бюджет, осветить деятельность. На таком вот совещании и было сказано — поручить провести громкую акцию», — написал Навальный.

Оппозиционер не верит, что «Путину не выгодно» убийство Бориса Немцова. «Попытка убийства Кашина — невыгодно, глупые и безосновательные аресты — невыгодно, фальсификации выборов при высоких рейтингах — невыгодно, любые нападения на оппозиционеров — невыгодно и тд и тп, — перечислил Алексей Навальный. — Тем не менее, это все происходит и ровно потому, что выгодно».

Навальный не представил доказательств в пользу своей версии, однако отметил, что ее сможет опровергнуть только скорейшее раскрытие убийства Немцова. По его мнению, должен состояться «гласный суд» над исполнителями и заказчиками преступления.

Алексей Навальный добавил, что кроме версии «убийство руководством страны» считает жизнеспособной версию о том, что Немцов погиб из-за конфликта с руководством Ярославской области.

Бориса Немцова застрелили 27 февраля в двухстах метрах от Кремля. Его убийцы не найдены. Похороны Немцова прошли 3 марта на Троекуровском кладбище Москвы.