Скуратов утверждает, что уже в 1990-е годы следователи установили исполнителей и заказчиков преступления, однако не смогли довести дело до конца из-за вмешательства Кремля. «Тогда в ситуацию вмешался Кремль, я был снят с должности генпрокурора, а обвинения так никому и не предъявлены», — сказал Скуратов.

Он считает, что и сейчас у следствия есть шанс раскрыть преступление, если оперативники начнут активную работу и дадут следователям новую информацию. Он удивился, почему расследование не было возобновлено после того, как генеральный директор Первого канала Константин Эрнст рассказал в интервью журналистам Rolling Stones Евгению Левковичу и Павлу Гриншпуну, что Листьева убил предприниматель Сергей Лисовский.

По словам Скуратова, главной версией мотивов убийства у следователей был передел рекламного бизнеса на телевидении. Борис Березовский помог Листьеву возглавить ОРТ, а взамен надеялся получить контроль над всеми финансовыми потоками от рекламы, однако журналист отказался передавать предпринимателю контроль над рекламой. «Смерть Владислава была ему на руку, но все же, как подозревало следствие, он не был заказчиком убийства. Отдал распоряжение убить Листьева другой человек», — сказал Скуратов.

Во время обыска в доме приемов «ЛогоВАЗа» следователям препятствовал с оружием в руках сотрудник Федеральной службы безопасности Александр Литвиненко, утверждает экс-генпрокурор. «Потом им стали поступать "звонки", чтобы к обыску отнеслись поверхностно. В результате не была изъята главная улика, за которой приходили — запись беседы Березовского и Листьева», — объяснил Скуратов.

Телеведущий и первый гендиректор ОРТ Владислав Листьев был убит 1 марта 1995 года по возвращении со съемок программы «Час пик». Его убили в подъезде собственного дома на Новокузнецкой улице. Следователь Борис Уваров, занимавшийся расследованием убийства, доложил исполняющему обязанности генпрокурора Алексею Ильюшенко о практическом раскрытии дела и тут же, по его словам, был насильственно отправлен в отпуск. Ряд преступников признавались в убийстве журналиста, но позже отказывались от показаний. В 2009 году дело было приостановлено. 

Юрий Скуратов занимал пост генпрокурора с 1995 по 1999 годы. В 1999 году против него было возбуждено дело после того, как на телеканале «Россия» вышел фильм «Трое в постели», в котором «человек, похожий на генерального прокурора», занимается сексом с девушками, охарактеризованными в СМИ как проститутки. Сам Скуратов назвал пленку поддельной. Владимир Путин, занимавшийся расследованием дела, говорил, что запись признавалась «предварительно-подлинной». В появлении пленки Скуратов обвинил Путина, возглавлявшего тогда ФСБ. В 2010 году Скуратов также говорил, что представители Кремля мешали расследованию дела. С 2011 года он является председателем национального совета саморегулируемых организаций третейских арбитров и судей. 

Евгений Левкович опубликовал в 2013 году в своем блоге на сайте проекта «Сноб» интервью с Константином Эрнстом, в котором содержались слова Эрнста, которые тот якобы сказал не под запись. «В момент паузы Эрнст говорит о том, что Листьева заказал известный бизнесмен Сергей Лисовский», — написал Левкович. Лисовский отказался комментировать интервью, а Эрнст объявил статью провокацией и сказал, что не говорил такого Левковичу. 

С 1994 года Лисовский был генеральным продюсером коммерческой телекомпании «Свежий ветер» и соучредителем телекомпании Global Media System. В том же году вошел в двадцатку ведущих бизнесменов новой России по версии журнала «Деловые люди». В 1995 году стал членом Координационного совета, членом президиума КС Круглого стола бизнеса России и гендиректором «ОРТВ-Реклама». В том же году он был одним из фигурантов дела об убийстве Листьева, его адвокатом был Анатолий Кучерена. По словам Скуратова, Кремлю было невыгодно преследование Березовского и Лисовского, поскольку они финансировали избирательную кампанию Бориса Ельцина. Скуратов говорил, что ему и самому близка версия, что Лисовский причастен к убийству Листьева.