Генпрокуратура России поздно вечером в среду, 25 марта, направила в Госдуму ходатайство о снятии неприкосновенности с Пономарева. Замглавы аппарата Госдумы Юрий Шувалов подтвердил РБК получение ходатайства, однако не стал говорить, из-за чего Пономарева хотят лишить иммунитета. Когда в Госдуме рассмотрят запрос прокуратуры, пока неизвестно.

Сам Илья Пономарев написал в фейсбуке 25 марта, что у него есть три предположения, почему прокуроры могли обратиться в Госдуму. «У меня варианта три: каким-то образом двинули вперед дело Сколково (менее вероятно), решили обвинить в организации ‪#‎6мая‬ (более вероятно), или же шьют госизмену (непредсказуемо)», — написал Пономарев (авторское написание сохранено — «Сноб»).

Спикер Думы Сергей Нарышкин сообщил в свою очередь, что против Пономарева собираются возбудить уголовное дело по статьям 30 и 160 УК России (подготовка к присвоению или растрате). « В вину [Пономареву] вменяется соучастие в растрате денежных средств фонда "Сколково"», — рассказал Нарышкин.

Илья Пономерев, который с 2014 года находится в США, сообщил РБК, что не видит смысла возвращаться в Россию, «если меня будет ждать тюрьма». В интервью «Интерфаксу» на вопрос о возвращении в Россию он сказал: «Планировал [вернуться]. Сейчас не знаю. Надо понять, что происходит».

Утром 26 марта Пономарев попросил в фейсбуке «не спешить» с выводами, что он не вернется в Россию. «Политэмигрантом я не стану, пусть даже не надеются. Безусловно, облегчать нашим чекистам жизнь и добровольно лезть в петлю тоже не собираюсь, но никаких политических убежищ и т.п. не будет», — написал депутат.

Илья Пономарев и «Сколково»

В Следственном комитете России говорили в мае 2013 года, что собираются возбудить против Пономарева уголовное дело из-за получения 750 тысяч долларов от фонда «Сколково». По версии следствия, депутат незаконно получил деньги от фонда. СКР собирался обратиться в Генпрокуратуру, чтобы та добилась снятия с Пономарева парламентской неприкосновенности.

Илья Пономарев получил деньги от «Сколково» за лекции и научную работу. После начала расследования СКР фонд «Сколково» через суд потребовал, чтобы Пономарев вернул девять миллионов рублей. В итоге суд обязал депутата выплатить 2,7 миллиона рублей. Эти деньги вычитаются из его зарплаты в Госдуме.

Пономарев уехал из России после того, как заподозрил, что из-за долга перед «Сколково» ему могут запретить покидать страну. Депутат пообещал вернуться, как только этой угрозы не будет. В марте 2015-го парламентарий сообщил, что может вернуться через полтора-два месяца.