Сервис зарегистрирован как информационное агентство. Свидетельство о регистрации СМИ «Яндекс.Пробки» было выдано учредителю, компании «Яндекс.Пробки», в марте 2014 года. Владельцем «Яндекс.Пробок» являются компания «Яндекс» (99,99 процента) и Олег Бадера (0,01 процента). Учредителем «Яндекса» выступает нидерландская Yandex.N.V.

В настоящее время «Яндекс» рассматривает возможности по реструктуризации бизнеса, чтобы не нарушать поправки — у компании на поправление документов есть еще время до января 2016 года. 

По мнению компании, в дальнейшем иностранцам в России могут ограничить владение и интернет-компаниями. Кроме того, весь интернет-бизнес могут заставить регистрироваться как СМИ, а это может привести к изменениям в управлении компанией, ее структуре собственности, что удешевит акции.