Убийца, лицо которого скрывала маска, пришел в храм поздним вечером. Он несколько раз громко позвал настоятеля по имени и фамилии, а когда тот вышел, выстрелил из пистолета в голову и грудь священника, попутно ранив регента храма Владимира Стрельбицкого.

Прихожане, на глазах которых произошел расстрел, отвезли раненых в больницу. 35-летний Сысоев умер на операционном столе, 41-летнего Стрельбицкого врачам удалось спасти.

По словам свидетелей, расстрелявший церковнослужителей человек был «похож на кавказца».

В Следственном комитете при Прокуратуре РФ считают, что убийство, скорее всего, было совершено на религиозной почве.

Отец Даниил был активным миссионером, проповедовавшим православие среди людей других религиозных культур. Автором книг «Брак с мусульманином» и «Православный ответ исламу», публикация которых вызвала недовольство среди мусульман. Сопредседатель Совета муфтиев России Нафигулла Аширов даже заявил, что такими книгами Сысоев «пытается снискать себе славу русского Салмана Рушди».

Настоятель неоднократно сообщал в своем «Живом журнале», что мусульмане угрожают ему расправой.

В то же время в оперативно-следственной группе не исключают, что священник мог быть убит представителями языческой секты так называемых родноверов. Ранее «родноверы» устроили взрыв в одном из храмов, также на юге Москвы.

Расследование убийства взяла под свой контроль Общественная палата, где намерены выяснить, реагировала ли милиция на угрозы в адрес священника.

Подключились к расследованию и националисты — Движение против нелегальной иммиграции объявило награду в 100 тысяч рублей за информацию, которая поможет следствию найти убийцу.