Алиева задержали 9 июня после обысков в его доме. Его родственники утверждают, что силовики нашли «предмет, похожий на гранату Ф-1» и «колбу цилиндрической формы», которых до прихода правоохранителей в доме не было. 11 июня родственников задержанного пригласили в Совет безопасности Ингушетии, где им пообещали разобраться в ситуации и сообщили, что Ибрагим и его брат Башир были зарегистрированы в «сомнительной группе в приложении Telegram».

В итоге начальник ингушского управления ФСБ Александром Куманяевым доложил родственникам, что Ибрагим во время допроса схватил ножницы, лежавшие на столе, с криком «Аллаху акбар» бросился на следователя, попытался бежать и был убит.

Тело Ибрагима родственникам не отдали, и тогда они пожаловались в Совет безопасности, уполномоченному по правам человека в Ингушетии Джамбулату Оздоеву и правозащитникам; вдова Алиева направила письмо на имя президента Владимира Путина, где сообщила, что спецслужбы боятся отдать тело, чтобы родственники не провели независимую медэкспертизу.

По данным издания «Кавказский узел», сотрудники ФСБ регулярно встречались с родственниками погибшего, и 29 июня в «одном из кабинетов уполномоченного по правам человека» неизвестные люди передали одному из родных убитого, что ФСБ готова отдать семье тело при условии, что похороны пройдут без свидетелей, а претензии к спецслужбе отзовут.

В начале июля брат Алиева отказался от помощи правозащитников и всяких претензий к ФСБ. 7 июля тело выдали родственникам, его похоронили в тот же день.