Номинантов отбирали сопредседатели организационного комитета премии: историк Александр Архангельский и литературный критик Александр Гаврилов. В отборе номинантов участвовал куратор «Книжных проектов Дмитрия Зимина» Валентин Кориневский. В лонг-лист вошли следующие книги:

1. Антонец Владимир «Простые вопросы. Книга похожая на энциклопедию»;

2. Аузан Александр «Экономика всего. Как институты определяют нашу жизнь»;

3. Ахмедов Эмиль «О рождении и смерти черных дыр»;

4. Бабаев Кирилл, Архангельская Александра «Что такое Африка»;

5. Беляков Сергей «Тень Мазепы»;

6. Бондаренко Григорий «Мифы и общество Древней Ирландии»;

7. Буруковский Рудольф, Подольская Марина «О чем поют ракушки»;

8. Динец Владимир «Песни драконов. Любовь и приключения в мире крокодилов и прочих динозавровых родственников»;

9. Жуков Борис «Введение в поведение»;

10. Зазулина Наталия «Миссия Великого Князя»;

11. Зорин Андрей «Появление героя. Из истории русской эмоциональной культуры конца XVIII – начала XIX века»;

12. Кавтарадзе Сергей «Анатомия архитектуры. Семь книг о логике, форме и смысле»;

13. Каганов Моисей «Физика глазами физика». В 2 частях;

14. Лебина Наталья «Мужчина и Женщина: тело, мода, культура. СССР – Оттепель»;

15. Левонтина Ирина «О чем речь»;

16. Малявин Владимир «Империя ученых»;

17. Никитин Михаил «Происхождение жизни. От туманности до клетки»;

18. Панчин Александр «Сумма биотехнологий»;

19. Первушин Антон «Последний космический шанс»;

20. Покровский Вячеслав «Космос, Вселенная, теория всего почти без формул, или Как дошли до теории суперструн»;

21. Попов Сергей «Суперобъекты: Звезды размером с город»;

22. Свердлик Анна «Как эмоции влияют на абстрактное мышление и почему математика невероятно точна: Как устроена кора головного мозга, почему её возможности ограничены и как эмоции, дополняя работу коры, позволяют человеку совершать научные открытия»;

23. Шарый Андрей «Дунай: река империй»;

24. Щербинина Юлия «Время Библиоскопов. Современность в зеркале книжной культуры»;

25. Эткинд Александр «Мир мог быть другим: Уильям Буллит в попытках изменить XX век».

Шорт-лист объявят в начале октября 2016 года. Отбирать книги в короткий список будут члены жюри премии: председатель жюри, литературовед Роман Тименчик, историк науки Дмитрий Баюк, поэт Евгений Бунимович, лингвист Владимир Плунгян, биолог Константин Северинов, антрополог Алексей Юрчак и основатель премии Дмитрий Зимин (с правом совещательного голоса). В отборе также будут участвовать редакторы-составители книги «Математическая составляющая»: Николай Андреев, Сергей Коновалов и Никита Панюнин. Представлять редакторов на заседаниях жюри будет Коновалов.

Лауреатов премии объявят 17 ноября. Обладатели премии в номинациях «Гуманитарные науки» и «Естественные и точные науки» получат вознаграждение в размере 700 тысяч рублей, финалисты получат по 100 тысяч рублей. Издателей книг лауреатов наградят денежным сертификатом достоинством 130 тысяч рублей для продвижения книг на рынке. Перед награждением пройдет фестиваль премии «Просветитель».