Владимир Путин дал согласие передать Исаакий в декабре 2016 года, причем высокопоставленные чиновники в Кремле не знали о принятом решении. Официально о передаче собора в собственность церкви не сообщалось. Пресс-секретарь президента Дмитрий Песков сказал, что согласовывать передачу религиозных объектов «не прерогатива президента».

Губернатор Петербурга Георгий Полтавченко принял решение передать Исаакиевский собор после встречи с патриархом, прошедшей в декабре, рассказали источники издания в музейных кругах Петербурга и в городской администрации. Полтавченко не обсуждал принятое решение с Путиным и руководством страны.

До встречи с патриархом Георгий Полтавченко выступал против передачи в введение РПЦ Исаакиевского собора, Спаса на Крови и других объектов. «Передача соборов в безвозмездное пользование епархии приведет к фактической ликвидации одного из самых востребованных и посещаемых музеев Санкт-Петербурга», — говорил Полтавченко в письме на имя министра экономического развития Алексея Улюкаева от 18 мая 2016 года.

В январе 2017 года власти Петербурга объявили о решении передать Исаакиевский собор Русской православной церкви в безвозмездное пользование на 49 лет. Само здание останется в собственности города и сохранит музейные функции.

Противники передачи собора пытались оспорить решение, но их иски отклонили. Петицию против передачи Исаакиевского собора РПЦ подписали больше 215 тысяч человек. В Петербурге прошло несколько акций протеста.