Дело возбудили по 33-й и 160-й статьям УК России (соучастие в растрате) после того, как 7 апреля Госдума лишила Пономарева депутатской неприкосновенности и разрешила следователям начать расследование в отношении парламентария.

Илью Пономарева подозревают в хищении денег у фонда «Сколково», говорили в СКР, прежде чем попросить Госдуму лишить депутата неприкосновенности. Следователи полагают, что Пономарев помогал старшему вице-президенту фонда Алексею Бельтюкову «в растрате денежных средств фонда "Сколково" на сумму более 22 миллионов рублей».

В 2010 году Пономарев заключил с фондом «Сколково» контракты на научно-исследовательскую работу и чтение лекций, а после, как считают следователи, отправил в организацию фальшивые отчеты о своей работе. За свою работу Пономарев получил 750 тысяч долларов.

С 2014 года Илья Пономарев находится в США.