Мастюгина задержали в его доме в Москве сотрудники главного следственного управления Следственного комитета (ГСУ СКР) и службы экономической безопасности ФСБ. Они провели обыск в доме, а потом доставили бизнесмена в головное здание комитета, где предъявили ему обвинение. Суд определил Мастюгина в следственный изолятор «Медведь». Ему продлили содержание под стражей до августа 2015 года.

Изначально Мастюгин и исполняющая обязанности председателя правления Инвестбанка Ольга Боргардт были свидетелями по делу о крупных хищениях. После того, как дело забрало себе ГСУ, Боргардт взяли под стражу. Она подозревается в выведении со счетов банка вместе с неустановленными лицами в фирмы-однодневки 1,5 миллиарда рублей, которые принадлежали Фонду содействия реформирования ЖКХ.

Следователи считают, что Мастюгин сказал Боргардт снять обременение с ценных бумаг, которые являлись залогами по кредитам на 200 и 600 миллионов рублей, которые банк выдал компании «Дирректива». Эта фирма, полагают следователи, была подконтрольна Мастюгину. Так банк потерял и кредитные деньги и залог, решило следствие.

Мастюгин отрицает свою вину и общается со следствием. По мнению адвоката Сергея Дорохина, в деле нет события преступления. По его словам, в деле «нет прямого ущерба», поскольку имеются в виду не «живые» деньги, а утраченный залог банка по кредитам. Арбитражный суд Москвы удовлетворил иски АСВ к «Диррективе» и взыскал с заемщика более 800 миллионов рублей — кредиты и просрочку.