Около девяти часов вечера по московскому времени Каныгин написал в фейсбуке, что его отпустили «в чистом поле». Его отвезли на машине к контрольно-пропускному пункту «Матвеев Курган» на российско-украинской границе и передали представителям ФСБ.

При передаче ФСБ Каныгина сопровождал сотрудник министерства государственной безопасности (МГБ) ДНР Игорь Михайлович (фамилию он называть отказался). «Он поздоровался за руку с сотрудником ФСБ и сказал, что "вот клиент вам, обвиняется в том, что не имел регистрации и работал без разрешения на территории"», — вспомнил журналист в разговоре с телеканалом «Дождь».

В 22:30 16 июня Каныгина встретила собственный корреспондент «Новой газеты» в Ростовской области Виктория Макаренко. 17 июня журналист должен прибыть в Москву.

Каныгин рассказал в фейсбуке, как проходило его задержание. «Задержали в 14:00 донецкие МГБшники за то, что у меня не было аккредитации в тот момент, когда сотрудница министерства информации ДНР Татьяна с ведомства министра Никитиной говорила мне, что эта моя аккредитация будет готова к вечеру. Просила дать ей фотографию. 5-часовой допрос был любезный, как видите. Я, по их мнению, опять "шпион-подрывник", "объективная журналистика нам не нужна", "агент СБУ" (Служба безопасности Украины, — "Сноб"), "американцы наркотой тебе платят? Ггыг!" Как же все это мерзко», — сообщил журналист и опубликовал свою фотографию, на которой у него рассечена бровь, а под глазом — синяк.

Позже он рассказал «Дождю», откуда у него травмы на лице. «В момент оформления аккредитации ко мне подошли автоматчики и сказали, что у меня этой аккредитации нет и они меня задерживают. Повели меня в черный тонированный микроавтобус. Один из вооруженных людей наставил на меня пистолет и сказал мне, что я нервный параноик и "если ты сейчас дернешься и скажешь что-то не так, я за себя не отвечаю". После чего задал мне только один вопрос: "Ты за нас или ты за укропов?" Я сказал, что я за мир. Он ответил: "Ах ты, сука, за мир? Ну, получи". И дал мне в глаз. На этом первая часть закончилась. А потом начался допрос», — сказал Каныгин. По его словам, его ударил тот самый Игорь Михайлович, который позже доставил его на границу.

На допросах корреспондент сидел в наручниках. Его не били и разрешили выйти в туалет. Журналиста заставили сдать анализ мочи, заявили, что будут его «выводить на чистую воду», и потребовали признания в наркомании. «И через две минуты уже сообщили, что я, оказывается, употребляю почти все виды наркотиков, что в моей крови полная таблица всевозможных веществ. В конце концов составили какой-то протокол, где написали, что я был в неадекватном состоянии и на их вопросы ответить не смог. Правда, копию мне так и не дали», — рассказал корреспондент. Допрос вел и настаивал на признании в употреблении наркотиков Михаил Юрьевич Данилин.

Каныгина также обвинили в том, что он работает не на «Новую газету», а на «одно из украинских изданий». Основанием для этого обвинения послужила найденная у корреспондента «визитная карточка украинского журналиста по фамилии Мацуга». Об этом рассказал «НГ» Игорь Михайлович. Главный редактор «НГ» Дмитрий Муратов попросил министерство иностранных дел (МИД) России и администрацию президента России вмешаться в ситуацию с корреспондентом. В МИДе пообещали откликнуться на просьбу редакции.

В Донбассе Каныгин освещал антивоенный митинг, прошедший 15 июня. На стихийную акцию вышли около 500 человек, они требовали прекратить войну и восстановить разрушенное в ходе боев жилье. Жители также обвинили бойцов ДНР в том, что они провоцируют огонь украинской армии по мирному населению.

В мае 2014 года Каныгина похитили в городе Артемовск Донецкой области. Сначала представители ДНР обвинили его в работе на Центральное разведывательное управление (ЦРУ) и Государственный департамент США и украинское ультраправое движение «Правый сектор». После его вывезли в Славянск. Там его раздели, забрали технику и бросили к пленникам, которых собирались обменивать на своих соратников. Позже бойцы решили потребовать выкуп за Каныгина. Корреспондента спас немецкий журналист Штефан Шолль.

В мае 2015 года Каныгин освещал историю с задержанными на Украине российскими спецназовцами Александром Александровым и Евгением Ерофеевым. Ему также удалось взять у них интервью, пока они находились в военном госпитале в Киеве.