Юрий Афанасьев известен как историк и политик времен перестройки. В конце 1980-х годов он получил широкую известность среди интеллигенции после ряда статей, в которых раскритиковал состояние отечественной исторической науки.

В 1989 году Афанасьев стал народным депутатом СССР. Знаменитую фразу об «агрессивно-послушном большинстве» он употребил, обращаясь к участникам I Съезда народных депутатов СССР в 1989 году, которые освистали Андрея Сахарова.

Афанасьев с 1954-го по 1990 год состоял в КПСС, а после ухода из коммунистической партии два года входил в движение «Демократическая Россия». В 1991 году он стал народным депутатом РСФСР, однако в 1993 году сложил с себя полномочия парламентария и ушел из политики.

В марте 1991 года Афанасьев создал на базе историко-архивного института Российский государственный гуманитарный университет, которым руководил до 2003 года.