По версии следственных органов, работу участников экспертизы оплатили из денег, похищенных бывшими руководителями ЮКОСа. Ранее в квартирах и офисах участников дела прошли обыски и выемки. В частности, следователей интересовали финансовые документы.

«Третье дело Ходорковского» выделили из большого дела ЮКОСа, возбужденного еще в 2003 году. Следователи считают, что бывшие руководители нефтяной компании легализовали 10 миллионов долларов, похищенные Михаилом Ходорковским. Также сотрудники СК РФ считают, что часть средств пошла на финансирование изменений уголовного законодательства, направленных на его либерализацию.

Общественная экспертиза «второго дела Ходорковского» проходила в 2011 году. Эксперты, среди которых были видные экономисты и юристы, посчитали, что во время судебного процесса допущены нарушения. Они заключили, что приговор Ходорковскому, получившему 13 лет, необходимо пересмотреть.

Одним из участников экспертизы стал Сергей Гуриев, ранее занимавший пост ректора Российской экономической школы. Когда следователи вызвали Гуриева на допрос по факту экспертизы ЮКОСа, экономист подал в отставку и уехал из России.