«Мы все-таки считаем, что наш акционер — Кремль, а не "Газпром"», — сказал Венедиктов. По словам главреда «Эха», его конфликт с бывшим главой «Газпром медиа» Михаилом Лесиным в 2014 году показал, что решения по радиостанции «принимает не "Газпром"».

В интервью Венедиктов несколько раз отметил, что решения по «Эху Москвы» принимают не акционеры. Главный редактор станции также подчеркнул, что за 17 лет, что он возглавляет радиостанцию, ни президент, ни его представители ни разу не звонили ему с требованиями снять публикацию или уволить сотрудника. В то же время акционеры из «Газпром медиа», по его словам, делали так ежедневно.

«Все хотят превратить "Эхо" в партийную радиостанцию. Власть хочет, чтобы мы были более провластными, оппозиция хочет, чтобы мы были оппозиционными. Поэтому с двух, трех, четырех сторон нас критикуют: то мы агенты Госдепа, то мы агенты "Газпрома". Вы уж разберитесь: "Газпром" или Госдеп, или же это одна и та же организация», — сказал Венедиктов. Он отметил, что «Эхо Москвы» — это не партийная станция, а площадка для дискуссий.

Конфликт между Венедиктовым и Лесиным произошел в ноябре 2014 года после того, как гендиректор радиостанции уволила журналиста Александра Плющева. Венедиктов назвал это решение незаконным и отказался увольнять журналиста. В итоге Лесин пригрозил уволить самого Венедиктова, однако заседание совета директоров, на котором собирались обсудить этот вопрос, отменили.

«Я понимал, что Михаил Юрьевич Лесин пойдет до конца, если его не остановит президент», — прокомментировал тот конфликт Венедиктов. В интервью «Дождю» он назвал спор с акционерами «войной».

Михаила Лесина в декабре 2014 года уволили с поста председателя правления холдинга «Газпром медиа».