Мутация с секретом. Как Япония избавилась от коронавируса и почему у России так не получится
За два года пандемии нам все чаще в голову приходит тоскливая мысль, что все это, похоже, не кончится никогда. А вот в Японии вдруг взяло и кончилось. Ну почти кончилось. Еще в августе число вновь выявленных случаев заболевания доходило до 26 тысяч в день. Но к началу ноября эта цифра упала до 200 в день, а в последние дни их было всего 44 на всю страну.
Причины столь стремительного улучшения ситуации пока непонятны. Конечно, традиционно дисциплинированные японцы исправно прививаются (по состоянию на 21 ноября в стране привито 75,9% населения), носят маски, соблюдают социальную дистанцию и прочие ограничения. Но, скажем, в Южной Корее процент привитых даже немного выше (79,7%), да и по части соблюдения противоэпидемических мер корейцы не уступают японцам. Однако в стране ежедневно регистрируется около 3 тысяч случаев заболевания — неплохой показатель для 52-миллионной страны, но явно далекий от «японского чуда», а главное, не демонстрирующий тенденции к снижению.
В качестве объяснения японского феномена профессор Национального института генетики Итуро Иноуэ предположил, что популяция коронавируса самоликвидировалась. Согласно его гипотезе, вариант «дельта» накопил так много мутаций, что стал неспособен к заражению или/и размножению в зараженных клетках, что и привело к угасанию инфекционного процесса.
На первый взгляд гипотеза Иноуэ выглядит абсурдной. Как известно, мутация — это случайное событие у единичной особи. Между тем, по оценке израильских и американских вирусологов, в организме зараженного человека присутствует одновременно от одного до ста миллиардов экземпляров коронавируса. В пересчете на страну, в которой ежедневно заражаются десятки тысяч людей, это даст сотни триллионов или даже квадриллионы «особей». Казалось бы, любая мутация, снижающая способность своего обладателя к заражению или репродукции, будет просто немедленно вычищена естественным отбором, не нанеся сколько-нибудь заметного ущерба популяции вирусов.
Однако некоторые особенности коронавирусов говорят о том, что гипотеза Иноуэ все же имеет право на существование.
Носителем генетической информации у коронавирусов служит РНК, которая в зараженной клетке копирует сама себя. Поскольку в самой клетке ферментов, способных считывать РНК с РНК, нет, у таких вирусов есть собственная РНК-полимераза. Работает она с невысокой точностью, поэтому геномы таких вирусов обычно невелики: при копировании большого генома какой-нибудь из жизненно важных генов наверняка окажется дефектным. Однако именно у коронавирусов (и у SARS-CoV-2 в том числе) размер генома — около 30 тысяч нуклеотидов — более чем втрое больше среднего для РНК-вирусов. Иметь такой геном им позволяют специальные белки, исправляющие ошибки РНК-полимеразы. Таких белков два — nsp14 и nsp10, причем ключевую роль играет именно nsp14.
Понятно, что и мутируют коронавирусы сравнительно редко. Так вел себя и SARS-CoV-2 в начале пандемии. Однако по мере массовой вакцинации естественный отбор начал благоприятствовать более интенсивному мутированию, поскольку это единственный способ создать варианты, неузнаваемые для антител и потому способные заражать привитых и переболевших.
Чтобы от этих хорошо известных фактов перейти к гипотезе Иноуэ, достаточно предположить, что в Японии в какой-то момент появился вариант с дефектным геном белка nsp14. Видимо, это произошло уже после того, как «дельта» (превосходящая своих предшественников способностью к заражению и скоростью размножения в человеческом организме) практически полностью вытеснила на островах более ранние версии вируса.
Избавленные от «корректора» вирусы принялись бурно мутировать, среди них появились линии, неузнаваемые для индуцированных вакцинами антител. Это, с одной стороны, обеспечило Японии летнюю волну заражений (самую высокую за все время пандемии), а с другой — позволило этим линиям быстро вытеснить все варианты с нормальным nsp14. Конечно, и в самих «безкорректурных» линиях из-за многочисленных ошибок при копировании огромная доля вирусов оказывалась нежизнеспособной, но среди сотен триллионов всегда находились те, кому повезло: несмотря на отсутствие контроля, при копировании не случилось ошибок (по крайней мере, роковых). Однако в каждом поколении вирусов доля таких счастливчиков была все меньше. А восстановить нормальную версию nsp14 (в гене которого за это время к исходной мутации тоже добавились новые) было уже невозможно: хотя любая мутация в принципе обратима, вероятность одновременных нескольких обратных мутаций в одном геноме исчезающе мала. Ошибки и в гене nsp14, и в остальных генах вируса продолжали накапливаться, и в конце концов во всех циркулирующих на островах вирусных линиях почти не осталось «исправных» геномов. А относительная изолированность Японии, дополненная мерами санитарного контроля на въезде, затрудняет попадание на острова вариантов вируса, свободных от дефектов.
Разумеется, это лишь гипотеза, причем весьма спорная. Но кое-какие косвенные доводы в ее пользу имеются. Как известно, эпидемия атипичной пневмонии в странах Восточной Азии в 2002–2003 гг., вызванная предшественником нынешнего коронавируса — SARS-CoV-1, через несколько месяцев после начала внезапно прекратилась сама собой. А с конца лета этого года быстрый (хотя и не такой стремительный, как в Японии) спад заболеваемости ковидом наблюдается в ряде южноамериканских стран, где еще полгода назад эпидемическая ситуация выглядела чуть ли не самой тяжелой в мире.
Так, может, и нам надо просто подождать, пока треклятый вирус сам себя истребит?
Вряд ли. Даже если профессор Иноуэ прав, в России подобного чуда ждать не приходится. Во-первых, появление «бескорректурных» линий SARS-CoV-2 — дело случая: пример Южной Кореи показывает, что эволюция вируса может пойти и другими путями. А главное — напомним, что быстро мутирующие варианты получают преимущество лишь в тех человеческих популяциях, бóльшая часть которых так или иначе иммунизирована. В Японии, как уже говорилось, вакцинировано больше трех четвертей населения, в тех странах Южной Америки, где отмечен спад заболеваемости, — больше 60% (в Чили — аж 87,6%). А вот в Индии (31%) и Индонезии (35%) «дельта» до сих пор не вытеснил менее агрессивные варианты — им всем пока хватает непривитых. Так что России с ее 36,5% привитых (заметную часть которых составляют получатели сомнительной «ЭпиВакКороны») рассчитывать на повторение «японского чуда» не приходится.
Спасительные чудеса если и случаются, то только с теми, кто сам делает все возможное.